咒音梵文：नमो भगवते भैषज्य गुरु वैडूर्य प्रभा राजाय तथागताय अर्हते सम्यक्संबुद्धाय। तद्यथा, ॐ भैषज्ये भैषज्ये भैषज्य समुद्गते स्वाहा।（天城文）

咒音釋義：禮敬世尊，藥師琉璃光王，如來、應供、正等正覺，即說咒曰：「嗡（宇宙音聲）！藥！藥！藥！升起吉祥成就！」

對應脈輪：海底輪、太陽神經叢、心輪、喉輪、眉心輪、頂輪

在佛教的傳統中，《藥師陀羅尼》蘊含著藥師佛在過去修行中所發的十二大願，這些願望象徵著無盡的愛與慈悲，散發出琉璃般的療癒光芒。藉由持誦《藥師陀羅尼咒》，我們能夠接引藥師佛的廣大誓願，跨越時空，獲得身心的療癒與保護。

在藏傳佛教中，最常見的《藥師咒》版本是一段簡短的咒語，也是《藥師陀羅尼》當中的最後一句：「喋雅他，嗡，貝堪則，貝堪則，瑪哈，貝堪則，喇雜，薩目嘎喋，娑哈！」這個咒語的源頭是梵語，爾後傳入了藏地，且在不同地區因口音差異略有變化，但其核心力量未曾改變，只要誠心誦唸，皆能感應藥師佛的宏願與慈悲。

而在漢傳佛教中，信眾常誦唸的版本是：「南無薄伽伐帝。鞞殺社。窶嚕薜琉璃。鉢喇婆。喝囉闍也。怛他揭多也。阿囉喝帝。三藐三勃陀耶。怛姪他。唵。鞞殺逝。鞞殺逝。鞞薩社。三沒揭帝。莎訶。」這個咒語隨著佛教東傳至中原，經由河洛語音譯而來，雖然隨著語言的演變，現今的誦唸多半以普通話誦唸，所以咒音聽起來與原始梵語有很大的差異，但舉凡誠心誦唸，其療癒的力量依然不減。